- ostatak jedarnog genoma eukariotskog simbionta (zelene ili crvene alge) u procesu sekundarne hloroplastne endosimbiogeneze. Postoji kod grupa Cryptophyta i Chlorarachniophyta. Nukleomorf sadrži najmanje i do sada najkompaktnije genome eukariota (veličina je 1,3-2,8 Mb, a u genomu je više od 91% kodirajućih gena). Genom nukleomorfa poseduje 30 gena koji kodiraju esencijalne proteine sekundarnih plastida.